פרשת פקודי מסיימת את סיפורי הכנת המשכן ובכך חותמת את חומש שמות.
בראשית הפרשה יש פירוט של כל מה שנתרם על ידי עם ישראל, וכיצד השתמשו בו לבניית המשכן. בשלב זה התורה עוברת לספר על הכנת בגדי הכהנים והכהן הגדול בפרט.
לאחר השלמת ההכנות כל הכלים מובאים אל משה לבדיקה. גם כאן התורה רואה צורך לפרט שוב את כלי המשכן. משה מאשר את העבודה ומברך את עם ישראל.
לבסוף, משה מקים את המשכן וממקם את כל הכלים בתוכו. מעבר לפעולות הפיזיות משה גם מקדש את המשכן בכך שהוא מושח את הכלים בשמן הקודש, וגם עושה טקס לטובת מינוי הכהנים.
הפרשה חותמת בהשראת השכינה על המשכן בצורה כל כך חזקה עד שאפילו משה לא יכול להיכנס למשכן. התורה מציינת בדרך אגב שהשכינה על המשכן מדריכה את בני ישראל במסעיהם. כאשר ענן ה' מתרומם מעל המשכן בני ישראל צריכים לנסוע.